文部科学省　ターゲットタンパク研究プログラム

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情報検索・解析

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統合検索ASETT

ASETT(All-in-one Search of Target Tanpaku)では、ターゲットタンパク研究プログラム（TPRP）情報プラットフォームが開発してきたTP Atlas, PREIMS, eSOL, CASA DB, PCI, Autophagy DBならびにTPRPの成果である論文（Paper）・特許（Patent）・PDBエントリーに加えてライフサイエンス辞書を一括検索することができます。各DBの仕様を知らなくてもキーワードで検索することができます。

TP Atlas (旧称ネットワークDB)

ターゲットタンパク研究35課題の案内図です。テキストのアブストラクト（Summary)とともにグラフィカル・アブストラクトに相当する反応経路図（旧ネットワーク図）で研究内容を俯瞰し、さらに、各々のタンパク質の構造や機能の情報や論文情報にアクセスできます。なお、反応経路図は、Cell Illustratorを駆使して全課題共通の型式で描かれています。（TP Atlas構築にあたりご協力いただきました各課題の研究実施者の方々に感謝致します）

AT Atlas

AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを組み合わせて、分かりやすく表現することを目指した枠組みです。AT Atlasによって、あるタンパクの構造や機能を解明した実験方法を理解することができます。さらに、AT Atlasから実験プロトコールデータベースPREIMSへのリンクを辿って、実験を実際に始めるに十分な精密な実践的情報を入手することができます。Cell Illustratorは東大医科研宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。)

実験方法DB

蛋白質実験情報マネージメント・システム（PREIMS: PRotein Experimental Information Management System）は、ターゲット・タンパク研究で開発された実験プロトコルを整理したデータベースです。ターゲット・タンパク研究のプロジェクトの研究者によって実験プロトコル情報を登録していただき、登録時に指定されたアクセス権限に基づいて、検索・閲覧がなされます。

この実験プロトコル情報は、テキストのみによる記載も可能ですが、オントロジー・エディター「法造」によって作成されるオントロジーでも記載されます。

eSOL

eSOL(Solubility database of all E.coli proteins)は、再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベースです。

アミノ酸配列解析 (FUJI)

アミノ酸配列解析(タンパク質オンデマンド解析データベース)は、利用者の指定する任意のタンパク質のアミノ酸配列に対し、さまざまな情報を迅速に付加し、機能予測を行って、画面表示します。配列の特徴分析に加え立体構造や天然変成(disorder)領域の予測も行い、分かりやすく表示します。さらに配列の類似性のみならず立体構造情報も考慮して機能予測を行い、提供します。

SNPsマッピング・タンパク質構造オンデマンド解析

SNPsマッピング・タンパク質構造オンデマンド解析は、ヒトの遺伝子シンボル名または利用者の指定する任意の塩基配列に対し、アミノ酸配列に翻訳後、様々な情報を迅速に付加し、機能予測を行った結果を画面に表示します。配列の特徴分析に加え立体構造や天然変成(disorder)領域の予測も行い、分かりやすく表示します。さらに立体構造画像上にSNPの位置を明示します。

網羅的アミノ酸配列DB (CASA)

網羅的アミノ酸配列データベース(タンパク質配列データベース)「CASA db」は現在世界各地に分散している多種多様なタンパク質関連情報を、広く収集・統合することで、次世代タンパク質科学の情報基盤の整備を行うことを目的として構築を開始しました。

世界の三大アミノ酸配列データバンクである、DDBJ DAD、NCBI NR、UniRefを中心にした各公開タンパク質データベースから、2,100万件超のアミノ酸配列、5,300万件超の生物種情報、11,200万件超のIDを収集し、それらに対して構造予測、機能情報予測等を行った結果を公開いたします（2011/02/16更新）。