SNPsマッピング・タンパク質構造オンデマンド解析

SNPsマッピング・タンパク質構造オンデマンド解析は、ヒトの遺伝子シンボル名または利用者の指定する任意の塩基配列に対し、アミノ酸配列に翻訳後、様々な情報を迅速に付加し、機能予測を行った結果を画面に表示します。配列の特徴分析に加え立体構造や天然変成(disorder)領域の予測も行い、分かりやすく表示します。さらに立体構造画像上にSNPの位置を明示します。利用方法やプログラムの詳細につきましては、以下の概要を参照して下さい。

このデータベース作成に関する研究活動は、文部科学省のターゲットタンパク研究プログラムにより援助されています。

[SNPsマッピング・タンパク質構造オンデマンド解析を使ってみる]

使い方

Step1.遺伝子シンボル名入力またはSNPs塩基配列入力

Step1 解析する遺伝子シンボル名を入力する。





Step1 またはSNPを含む任意の塩基配列を入力する。

Step2.SNP位置とタンパク質の一次構造表示

Step2 SNPの位置と立体構造(PDB,SCOP)アラインメントが、左(N端)から右(C端)に直線的に表示される。また、Pfam,SMARTドメインアラインメント、タンパク質の保存領域、不規則領域(disorder)・SEG・コイルドコイル予測、シグナル配列・膜貫通領域・細胞内局在の予想、自動機能予測も同じ画面に示される。

Step3.SNP位置・タンパク質の立体構造表示

Step3 立体構造に対するアラインメントがあれば、それぞれのPDB構造に対するアラインメントが立体的に表示される。表示されたPDB構造内に関連するSNP位置が表示される。

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