eSOL(Solubility database of all E.coli proteins)は、再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベースです。

お知らせ

2012.05.02
 ・ eSOLデータベースのエントリーのうち、788個の凝集性タンパク質に対する分子シャペロンの凝集抑制効果データが
追加されました。
 ・ 項目検索機能が追加されました。また、項目の組み合わせ検索も可能となりました。

概要

このデータベース(eSOL)は、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発分野生産領域の東京大学上田研究室と東京工業大学田口研究室が再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量の実験結果を網羅しています。データベースの仕組みは同じくターゲットタンパク研究プログラム技術開発分野の情報プラットフォームが用意し、遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の実験結果を検索することができます。

実験の手法としては、まず、奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科森研究室で構築された大腸菌の全遺伝子のライブラリーであるASKAライブラリーのプラスミドからPCR反応によって各遺伝子断片を増幅します。
次に、増幅した遺伝子断片から、再構築型の試験管内タンパク質合成系であるPURE systemを用いてタンパク質を合成させます。反応後、一部を分取(Total)した後、残りを遠心し(20,000xG、30分)、上清を回収します(Sup)。
こうして得られたTotalとSupをそれぞれSDS-PAGEで分離し、合成されたタンパク量及び遠心で上清に残った割合(可溶率)を計算します。以下に手順の模式図を示します。

fig.1 ASKA library

参考文献

実験手法、解析結果などについて

Global analysis of chaperone effects using a reconstituted cell-free translation system.
Niwa T, Kanamori T, Ueda T, Taguchi H.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jun 5;109(23):8937-42
Bimodal protein solubility distribution revealed by an aggregation analysis of the entire ensemble of Escherichia coli proteins.
Niwa T, Ying BW, Saito K, Jin W, Takada S, Ueda T, Taguchi H
Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2009 Mar 17;106(11):4201-6

ASKAライブラリーについて

Complete set of ORF clones of Escherichia coli ASKA library (a complete set of E.coli K-12 ORF archive): unique resources for biological research.
Kitagawa M, Ara T, Arifuzzaman M, loka-Nakamichi T, Inamoto E, Toyonaga H, Mori H
DNA Res. 2005;12(5):291-9

PURE systemについて

Cell-free translation reconstituted with purified components.
Shimizu Y, Inoue A, Tomari Y, Suzuki T, Yokogawa T, Nishikawa K, Ueda T
Nat Biotechnol. 2001 Aug;19(8):751-5