PCI DB (Protein-Compound Interaction Database)

Protein Search
gene symbol, protein name, ChEMBL classification UniProt accession, EntrezGene ID
  ex) CDK7, RAC1, adiponectin, secretase, cmgc, P11384, 7852
Compound Search
DrugBank ID, MeSH ID, ChEMBL compound ID,
PubChem compound ID, compound name
  ex) DB03068, D002599, CHEMBL483749, 100016, Phenylalanine Pubchem Compound ID File upload

現在世界各地に分散しているタンパク質-化合物相互作用を、 広く収集・統合することで、 次世代タンパク質科学の情報基盤の整備を行うことを目的として, タンパク質-化合物相互作用データベース「PCIデータベース」の構築を開始しました。





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収集したデータベースの紹介

ChEMBL    http//www.ebi.ac.uk/chembl/

chembl

ChEMBLは、EBIが提供するDrug-likeな生物活性低分子のデータベースであり、2次元分子構造、化合物プロパティ、生物活性情報を提供している。データは、学術論文から抽出及びキュレーションされ、最新のSAR及び創薬情報のかなりの部分をカバーしている。2011年2月現在、8,000をこえるターゲットタンパク質に関する情報が登録されている。


DrugBank    http//www.drugbank.ca/

drugbank

FDA認可済み薬剤、治験中の薬剤などを中心に約6800の薬品と4400以上のターゲットタンパク質に関する情報を収集・整理したデータベース。University of Alberta開発。


CTD    http://ctd.mdibl.org/

ctd

バイアスなしに化合物-遺伝子/タンパク質-疾患の関係を文献からマニュアルキュレートしたデータベースで、2012年3月現在約48万件の化合物-遺伝子/タンパク質相互作用情報が格納されている。 Mount Desert Island Biological Laboratory開発。


PubChem BioAssay    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcassay

pubchem

PubChemは米国NIH傘下のNCBIで整備されている化合物データベース。 2012年3月現在1億を超える化合物が登録されている。 PubChem Biosaayは生理活性に関する化合物スクリーニング(bioassay)の 結果を収集・整理したデータベースで、 2012年3月現在60万件を超えるbioassayが登録されている。