DICHOTによる構造ドメイン、天然変性領域予測提供中。Sample 6をお試しください。

お知らせ:

10月中旬より機器の障害によって解析が実行されない状態でした。ご迷惑をお掛けして申し訳ございません。

タンパク質オンデマンド解析(FUJI)DB

タンパク質オンデマンド解析データベースは、利用者の指定する任意のタンパク質のアミノ酸配列に対し、さまざまな情報を迅速に付加し、機能予測を行って、画面表示します。配列の特徴分析に加え立体構造や天然変成(disorder)領域の予測も行い、分かりやすく表示します。さらに配列の類似性のみならず立体構造情報も考慮して機能予測を行い、提供します。利用方法やプログラムの詳細につきましては、以下の概要を参照して下さい。

このデータベースは、文部科学省のターゲットタンパク研究プログラム(2007~2011年度)において開発・運用され、2012年度からは創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点事業において維持されています。

[タンパク質オンデマンド解析(FUJI)DBを使ってみる]

使い方

Step1.タンパク質のアミノ酸配列入力

Step1 タンパク質のアミノ酸配列を一文字表記で入力する。タンパク質の属する種の分類と、保存領域決定に使うホモログ数を指定する。

Step2.ホモログ検索と保存領域決定

Step2 ホモログが検索され、立体構造アラインメントのある部分と保存領域が画面に表示される。保存領域の決定に用いるホモログは利用者が任意に変更し、保存領域を再計算させることができる。保存領域自体も任意に変更可能である。

Step3.タンパク質の一次構造表示

Step3 立体構造(PDB,SCOP)アラインメントが、左(N端)から右(C端)に直線的に表示される。また、Pfam,SMARTドメインアラインメント、タンパク質の保存領域、不規則領域(disorder)・SEG・コイルドコイル予測、シグナル配列・膜貫通領域・細胞内局在の予想、自動機能予測も同じ画面に示される。

Step4.タンパク質の立体構造表示

Step4 立体構造に対するアラインメントがあれば、それぞれのPDB構造に対するアラインメントが立体的に表示される。アラインメントのない領域、PDB構造中のギャップ、分子の内側・外側の区別、保存領域も表示される。

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