アミノ酸配列のスタンダードなマルチプルアラインメントを作ってくれるサイト．入力データの（総残基数）が５万に制限されている．出力はシンプルなテキスト形式

広く利用されているマルチプルアラインメントソフトウエア．ダウンロードしてPCにインストールする必要あり．CLUSTALを用いたアラインメント・サーバも多くある（例：DDBJ, KEGG)

probabilistic consistency を利用した高精度マルチプルアラインメント法のサーバ.　

log expectation scoreを利用した高精度マルチプルアラインメントのサーバ.

consistencyを利用したtree-baseの高精度マルチプルアラインメントのサーバ. またここでは，M-coffeeというアラインメントのメタサーバも利用できる．

大量配列を高精度，高速にアラインメントするためのサーバ．日本発のアラインメントプログラムで海外でも高い評価を受けている唯一のもの．近年，ncRNAのアラインメントのための工夫も導入された．ここからソフトウェアをダウンロードすることも可能．

配列アラインメントプログラムMAFFTと構造アライメントプログラムASHを組み合わせて作成された配列-構造統合アラインメントプログラム．構造と配列を入力として，構造アラインメントをまず行い，それを制約条件として配列のマルチプルアラインメントを作成する．

以前は，3D-Coffeeと呼ばれていたツールの改良版．MAFFTashと同様に，配列と構造を入力として，配列と構造のマルチプルアラインメントを作成する．

タンパク質の立体構造を入力として，水素結合形成の規則性を利用して二次構造を同定するプログラム．二次構造同定プログラムの定番．ライセンス契約に基づきプログラムをダウンロードして利用．

タンパク質の立体構造を入力として実行すると，別のウインドウが開きコンタクトマップが表示される．

立体構造を入力すると分子表面の静電ポテンシャルを計算してくれる．出力はメールで送られる．

入力された立体構造と表面構造が類似するタンパク質をPDBのエントリから検索するサーバ

Poisson-Boltzman方程式を解くことによる生体分子の溶解の解析のソフトウェアパッケージ

巨大分子の構造や表面の可視化のツール. GRASPの更新バージョン. Windowsで利用可能.

PDBファイルを入力にして，水素結合を幾何学的に計算する．水素結合の条件に注意

電顕やトモグラフィーなどの低解像度の密度マップに対して，原子レベルの解像度のモデルを作成するソフトウェア．ダウンロードして使用．

電顕から得られた電子密度マップに，X線結晶構造解析あるいはNMRによって得られた高解像度のタンパク質のドメインを適合させるソフトウェアのパッケージ. PythonとC/C++で書かれている.　UNIXで利用可能.

タンパク質の構造を入力すると二面角を計算してラマチャンドランプロットを作成してくれるサーバ.

タンパク質の構造の立体化学的な妥当性をチェックする代表的なツール.

実験的に決定された構造やモデル構造について，構造が正しいか，またおかしな部分がないかをチェックするツール. サーバのサイトであるがダウンロードも可能.

結晶構造のリファインメントを支援するために設計されたツール. PDBフォーマットのデータをアップロードすると，その構造の妥当性を可視化して解析してくれる．

異なる原子タイプの間の非共有結合相互作用の統計を解析することで結晶構造のモデル構築やリファインメントを支援するための構造評価ツール.

統計的なポテンシャルを用いて，タンパク質の構造の妥当性を評価するサーバ

タンパク質の構造の全体的な妥当性の評価（GlobalAssessment)と局所的な残基レベルでの妥当性の評価（Local Assessment)を行えるサイト

実験または計算機によって得られたタンパク質立体構造が妥当な構造であるかを様々な方法で検証するメタサーバ．いろいろなチェックを１回で行ってくれる．

タンパク質立体構造に対して露出表面積を計算するための代表的なソフトウェア. UNIX環境とfortran77 コンパイラが必要

与えられたタンパク質立体構造に対して，露出表面積や溶媒和エネルギーを計算してくれるサーバ.

タンパク質の立体構造を与えると，rolling probeを用いた露出表面積や平均曲率を計算してくれるソフトウェア. SGI及びLinux環境で動作.

タンパク質の立体構造情報から，疎水結合，水素結合，イオン結合などの結合情報を計算する．

タンパク質-タンパク質複合体における結合の自由エネルギーをアミノ酸残基単位で見積もるサーバ．Linux, IBM SP版のソフトウエアもダウンロードできる．

タンパク質を含む分子構造のインタラクティブな可視化及び解析のツール.　座標データだけではなく，電子密度マップも取り扱える．立体構造のグラフィック表示だけではなく，付属のSequence viewerを用いると，マルチプルアラインメントから得られる情報を構造の上に反映させたり，アラインメントに従って重ね合わせの計算を行うこともできる．

タンパク質，核酸，低分子の構造を可視化するためのグラフィックスソフトウェア. 古くから使用されており，様々なプラットフォーム上で利用可能. オープンソース. MolScriptに読み込ませるためのファイルを出力することもできる.

タンパク質立体構造のグラフィクス表示，レンダリング，アニメーションなどを行える．オープンソース.

PDBjで作成されたタンパク質立体構造のグラフィクス表示のソフトウェア. PDBのXMLフォーマットであるPDBMLを読みこむことができる．RasMol様の仕様.

タンパク質やDNAの構造のグラフィクス表示のためのソフトウェア. ウェブブラウザにプラグインとして組み込まれる形式. MDL社のHPからフリーでダウンロードできる. プラットフォームが限られている.

タンパク質や低分子の立体構造の表示ソフト. インタラクティブなウェッブブラウザJavaアプレットとして構築されている. オープンオースのビューワであり，ダウンロードして使用するが，Javaが必要. Chimeのようなプラットフォームの制限がない.

分子構造や電子密度の表示ソフト. PowerPointやブラウザ中に埋め込みインタラクティブなプレゼンテーションにも使用できる. Windows版のバイナリとソースがダウンロードできる.

分子の立体構造の模式的また詳細なグラフィクスイメージの作成ソフト. PostScript, Raster3Dなど様々なアウトプットの書式を選択できる．入力はPDB書式そのものではなく，RasMolあるいはMolAUtoで作成されるスクリプトファイル.

PDB書式の立体構造中のタンパク質とリガンドの相互作用のなかの，水素結合と疎水的接触を図式的に表示するプログラム.

タンパク質-核酸間の相互作用を図式的に表示するソフトウェア．

低分子化合物の２次元描写できるJavaプログラム．

化合物エディタ．

CEはcombinatorial extensionの略. DALI同様に局所的で短いアラインメントを多数発生させ，それをクラスタリングしてアラインメントを拡張する. このサイトではペアワイズまたマルチプルの構造アラインメントのサービスと，CEのソフトウェアのダウンロードのサービスが行われている.

VASTはVector Alignment Search Toolの略. 立体構造中の二次構造の配置の比較に基づき，構造アラインメントが作成される. このサイトではユーザの問い合わせ構造に対する立体構造データベースの類似性検索を行える.

DALIは，コンタクトマップを用いて，局所的で短いアラインメントを多数発生させ，それを組み上げて長い構造アラインメントを構築する方法. このサーバでは，DaliLiteによるペアワイズ構造アラインメントを利用した構造データベースの検索が行われる. ユーザは問い合わせ構造をアップロードするか，PDBのIDコードを入力し検索を実行する. 結果はe-mailで受け取る.

DALIのアルゴリズムを用いたペアワイズ構造アラインメントのサーバ. 比較する２つの構造を入力するとペアワイズアラインメントが得られる. DALIのソフトウェアDAliLiteのダウンロードサイトへのリンクもある.

Markovian transition of structure evolutionの略. Matras では，構造変化をDAYHOFF行列のようなlog oddsスコアで表現し，それを利用して構造比較が行われる. このサーバではペアワイズ，マルチプルの構造アラインメント，内部類似性の検出などを行うことができる.

PDBjのDaron M Standleyによって開発されたユーザの問い合わせ構造に対するPDB中の類似構造のサーチエンジン．ASHのスコアを利用して探索が行われる. 結果はe-mailで返される.

double dynamic programming algorithmに，新規のスコアNERを加えて，PDBjのDaron M Standleyによって開発された構造アラインメントのプログラム. RASH, GASHという２つのバージョンによるペアワイズ構造アラインメントのサービスと，ASHのダウンロードサービスが行われている.

SSMはsecondary srucure matchingの略. 二次構造をグラフで表現してマッチングし，それに基づいて繰り返し計算で α炭素のアラインメントが行われる, このサイトでは，ペアワイズ比較，多重比較，ダウンロードサービスが行われる他に，SSM を利用した他のサイトへのリンクがはられている.

ペアワイズアラインメントと，それに対応する立体構造が与えられた時に，その重ね合わせを実行し，RMSDと各対応残基の距離が与えられる．

アミノ酸配列から二次構造をはじめ，タンパク質の機能予測もする統合サーバ．サーバ使用にあたってメールアドレスを登録する必要あり．解析には多少時間がかかる

アミノ酸配列から二次構造を予測する．最初にPDBに類似配列が存在しないかを調べてくれる．その後類似配列を配列データベースから検索し，すべての配列に対して，様々な二次構造予測を適用し，結果の多数決を取る．多少時間がかかるが，すべてブラウザー上で行ってくれる．

クラシックな３種の二次構造予測の方法（Chou Fasman(CF)法，GOR(GOR)法，Neural Network(NN)法）をいろいろな組み合わせで利用して，アミノ酸配列から二次構造を予測するサイト．各方法のみによる二次構造予測を始め，それらの組み合わせによる多数決での予測，また類縁アミノ酸配列のアラインメントを入力することで，それぞれの方法の多数決による結果や，複数の方法をアラインメントされている全配列に適用して多数決を取った結果を得ることもできる．

アミノ酸配列から各残基がタンパク質の内部にあるか表面に位置するかを予測する．時間がかかるがすべてブラウザー上で実行される．各残基の溶媒接触表面積（ASA)とアクセシビリティーを予測する．予測してくれるアミノ酸配列の長さは６０残基以上６０００残基未満．

アミノ酸配列から細胞膜貫通部位と，膜内外の部位を予測する．５つの方法で予測し，そのコンセンサスを取る．

アミノ酸配列から膜貫通部位と膜内外ループを予測する日本製のサーバ．速い．アミノ酸残基の長さは２０残基以上，５０００残基以下．

アミノ酸配列から膜貫通部位と膜内外ループを予測する．Linuxの上で動くソフトウエアも配布している．

アミノ酸配列からドメインリンカー部分を予測する日本製のサーバ．いろいろパラメターがあるがデフォルトのままで特に問題はない．アミノ酸配列（１２０残基以上２０００残基以下）をはりつけて，パラメタセットの一番下にあるPlotとDetailをONにしてからPredictボタンを押すと，すぐに結果が表示される．

アミノ酸配列を入力として，普通の状態では定まった立体構造を形成しない領域を推定する日本製のサーバ．機械学習法を用いている．

ニューラルネットワーク法を用いて，アミノ酸配列から，disorder領域を推定するサーバ．もっとも古いサーバの一つ．アミノ酸配列の残基組成にもとづく予測．　Pondrの中にいくつかの種類がある．ユーザ登録が必要で，登録に少し時間がかかる．

アミノ酸配列における残基の疎水性／極性残基分布にもとづいて，diosorder領域を予測する．物理化学的な方法．

PONDRと同様の予測方法．こちらはライセンスがなしですぐに利用できる．

PSI-BLASTによる類似アミノ酸配列も用いて，disorder領域を予測する方法．パラメターはニューラルネットワーク法で構築している．

各アミノ酸残基種のdisorder領域への出現頻度にもとづくパラメターを用いて，入力されたアミノ酸配列のdisorder領域を予測するサーバ．　ヨーロッパ製．

様々なdisorder領域の定義に対して，その定義にしたがう部分を予測できる予測サーバーをニューラルネットワークにより構築．GlobPlot2と関連のあるサーバ

アミノ酸残基対の相互作用エネルギーにもとづく，disorder領域の予測サーバ．構造を形成する部分には多くの残基間接触があり，構造を形成しない部分には，残基間接触が少ないことを利用している．

アミノ酸配列からコイルドーコイル領域を予測するサーバ．Lupasらによる分類と予測の研究結果を，Russellらがサーバにくみ上げている．詳しくはLupasらの論文を読むようにと，サーバ上に記載されているので，Russellらが力を入れてつくっているサーバには見受けられない．

X線小角散乱データから，タンパク質のだいたいの立体構造を推定するサーバ．サーバ使用にあたって登録が必要だが，　Emailアドレスを打ち込むだけで，瞬時にパスワードがもらえる．複数のドメインから校正されているタンパク質のドメイン位置関係を推定するときなどに重要なデータを得られる．使い方がわかりにくいページ

アミノ酸配列から，そのタンパク質が細胞のどこに局在するかを予測するサーバ．局在に関する様々な特徴量を組み込んだ予測方法で，８０％以上に精度がある．

アミノ酸配列から，シグナルペプチド（最終的に切り落とされてしまう部分）の有無を予測するサーバ．

アミノ酸残基の側鎖座標をモデリングするためのソフトウエア．正答率はかなり高い．非アカデミックには有償．Dunbrackらによるグラフ理論を用いた予測方法．ソフトウエアにはWindows用インストーラは入っているが，他のＯＳにインストールする場合は，少し手間がかかる．

一番よく使われているホモロジーモデリング用ソフトウエア．残基間距離情報を最適化することにより，立体構造を構築する．

MODELLERのサーバ版．実行させるためにはMODELLER用のアクセスキー（文字列）が必要．

よく使われているホモロジーモデリングのサーバ．モデルを構築するにあたっては，アミノ酸配列のみをアップロードする方法，テンプレート配列とのアラインメントをアップロードする方法，および関連ソフトウエアであるDeepViewのプロジェクトファイルをアップロードする方法がある．

ホモロジーモデリング開発初期からあるソフトウエア．ライセンスはファックスをやりとりして獲得しなければならないのが，やや面倒

独自のエネルギーポテンシャルを持っている生体高分子のホモロジーモデリングソフトウエア．

ペアワイズアラインメントを与えることで瞬時にホモロジーモデリングを完了するサーバ．ただし挿入欠失配列はモデリングしてくれない．

TRIPOS製の有償ソフトウエア

アカデミックには無償で公開されているフォールド推定サーバ．アミノ酸配列がどのフォールドに当てはまるかを予測する．CASP8で上位に位置している．

日本製のフォールド認識サーバ．

隠れマルコフモデルを用いたフォールド認識サーバ

アミノ酸配列のプロファイルの比較によるフォールド認識サーバ

アラインメントをアップロードすることで，このファミリーがどのフォールドにあてはまるかを推定するサーバ

アミノ酸配列をアップロードするとPSI-BLASTにより類縁タンパク質のアミノ酸配列を集め，それらの配列からプロファイルを構築して，あてはまる立体構造を探し出すサーバ

タンパク質立体構造予測サーバ．アップロードされたアミノ酸配列を細かいフラグメントに分断し，部分配列と類似の配列をデータベースから検索し，それらをつなぎ合わせながら全体構造を最適化する．

CDスペクトルから二次構造含量を推定することができる。

2原子間に他の原子に接触しないように球を配置したときに，最も大きな球を配置できた場所をポケットとして同定する．また，タンパク質表面の計算も可能．ソースコードをコンパイルして利用する．

ドロネー三角形分割を用いてポケットを同定し，その結果をWebブラウザ上で観察できる．手元のPDBファイルのポケット同定以外にも，PDBIDにより既知構造のポケットを検索可能．

タンパク質をグリッドで表現し，タンパク質に囲まれた溶媒露出グリッドをポケットとして同定する．手元のPDBファイルのポケット同定以外にも，PDBIDにより既知構造のポケットを検索可能．サーバの記述は簡潔で分かりやすい．ソースコードをダウンロードできる．

タンパク質にプローブ球を転がして，ポケットを同定する．計算結果として，１０カ所のポケットをWebブラウザ上で表示してくれる．手元のPDBファイルのポケット同定以外にも，PDBIDにより既知構造のポケットを検索可能．計算する際にPDBファイルに含まれている低分子をどう扱うか選択できる．

タンパク質の立体構造座標から，分子表面および静電ポテンシャルを計算する．

クエリーとしたタンパク質のリガンド結合部位と類似した構造を持つタンパク質をeF-siteデータベースから検索する．

ET viewer，および，ET report_makerにより，PDBに登録されている立体構造データをもとにして進化トレース法を行った結果を見ることができる．

アミノ酸配列データと立体構造データを用いて進化トレース法の手順を逐次行い，クラス特有の保存部位を立体構造上に表示する．

立体構造既知のタンパク質とそのファミリーの配列アラインメントを入力すると進化トレース法によりクラス特有の保存残基を特定する．

ニューラルネットワークを使ってタンパク質の立体構造からDNA/RNA相互作用部位を予測する．

RNAとの結合に使われやすいアミノ酸残基の立体構造上の配置をもとにRNA結合残基を予測する．また，配列情報を組み合わせて予測することもできる．

ニューラルネットワークを使ってタンパク質の立体構造からタンパク質間相互作用部位を予測する．

タンパク質の相互作用に用いられやすい残基が集中しているかどうかをもとに立体構造情報から相互作用部位を予測する．

タンパク質周囲のエネルギー計算に基づいてリガンド結合部位を予測する．リガンドが結合していない状態のタンパク質立体構造を用いた予測においても高精度で予測．バイナリーファイルをダウンロードして利用．

様々な深さのタンパク質表面のポケットを，モルフォロジー理論(mathematical morphology)を用い，効率的に三次元グリッド上に計算することで，リガンド結合部位を精度よく推定．

低分子とタンパク質側鎖のflexibilityを考慮してドッキングが可能．最新版ではタンパク質-タンパク質のドッキングもできるようになった．Freeで配付されているAutoDockToolsと組み合わせるとGUI上でドッキングが実行できる．MacOSX, Linux, Windows版の他各種Unix版があり，ソースコードもダウンロードできる．

低分子の構造が結合ポケットの構造に適合するかどうかを力場にもとづく関数で評価してドッキングを行う．最新のバージョンでは溶媒による影響やタンパク質のflexibilityを考慮したドッキングが可能になっている．ソースコードをダウンロードし，コンパイルする必要がある．

遺伝的アルゴリズムを使ってリガンドの全flexibilityを考慮してドッキングを行う商用ソフトウエア．Windows, Linux, SGI版がある．また，Web経由の試用ができる．

リガンドをフラグメント単位で扱うドッキングを行う商用ソフトウエア．Linux, Windows版がある．

商用ソフトウエアICM-Proのタンパク質-低分子とタンパク質-タンパク質のドッキングを行うモジュール．Windows, Linux, SGI, MacOSX版がある．

分子解析の統合パッケージMOEのタンパク質-低分子ドッキングを行うモジュール．Windows, Linux, MacOSX,HP-UX, Solaris, SGI版がある．

タンパク質-低分子のflexibleドッキングを行う商用ソフトウエア．タンパク質構造予測プログラムのPrimeと組み合わせることでリガンド結合に伴う構造変化も推定できる．Linux, Windows版がある．

タンパク質-低分子のflexibleドッキングソフトウエア．Linux, Windows, MacOSX版がある．

分子間エネルギーをスコア関数として，その最小化によりタンパク質-タンパク質，および，タンパク質-リガンドの剛体ドッキングを行う．Windows，Linux，その他各種Unix版がある．

タンパク質表面の性質（形状，静電ポテンシャル）の相補性により剛体ドッキングを行うFTDOCK，複数のドッキング構造（decoy）を経験的スコアにより再評価するRPSCORE，decoyの精密化を行うMULTIDOCKの３つのソフトウエアパッケージ．FTDOCKとRPSCOREはソースコードからコンパイルが必要．MUTLIDOCKはSGIとLinux版がある．

タンパク質表面の性質（形状，静電ポテンシャル）の相補性を使ってタンパク質と他分子との剛体ドッキングを行う．グラフィックス上でのドッキング結果の観察や，タンパク質構造の重ね合わせもできることが特徴．Windows, Linux, MacOSX（PPC）版がある．サーバ上でも利用可能．

分子間エネルギー（静電ポテンシャル, van der Walls）を評価関数として用いて高分子の剛体ドッキングを行う．MacOX, Solaris, Linux版がある

タンパク質表面形状の相補性や，静電ポテンシャル，経験ポテンシャルなどにより剛体ドッキングを行う．Linux, MacOSX, IBM, SGI版がある．

マイナーな構造変化を陰に考慮した分子表面モデルを使ってタンパク質-タンパク質ドッキングを行う．ソースコードをコンパイルして使う．

タンパク質表面の性質（形状，静電ポテンシャル）の相補性によりタンパク質-タンパク質，および，タンパク質-DNAの剛体ドッキングを行う．Windows版はVEGA packageに含まれている．ソースコードのダウンロードも可能

NMRの化学シフト等をはじめとする様々な相互作用部位情報を拘束条件として分子ドッキングを行う．Linux, MacOSX, IBM, SGI版がある．CNS（Crystallography & NMR System）のスクリプトを使うので，CNSのインストールも必要．

GRAMMのスコア関数をより予測精度の高いものに発展させ，さらにWebサーバとして利用を可能にしたもの．

3D-DOCKを発展させてWebサーバにしたもの．decoyの作成のみも可能．in-houseでの解析用にライセンスを結んでソフトウエアパッケージを入手することもできる．

タンパク質の立体構造予測法をベースとして側鎖の構造空間を考慮し，自由エネルギーが最小となる構造を求めることで精密な複合体構造を予測する．初期配置の周辺を徹底的に解析するので，入力の構造ができるだけ尤もらしい配置になっている必要がある．RosettaCommonsの中にソースコードが含まれている．

局所構造の相補性を見ることで，高速にドッキングを行う．特定のアミノ酸残基をあらかじめ結合部位と見なしてドッキングすることもできる．Linux用のダウンロード版もある．

表面構造の相補性等をもとにして，無数のdecoyの中から正しい複合体構造を選ぶことに主眼を置いている（decoyの作成にはDOTを使っている）．利用者がZDOCKやGRAMMによって作成したdecoyも解析できる．

PatchDockやZDOCKなどの剛体ドッキングにより予測された複合体構造をもとにして，タンパク質のflexibilityを考慮して予測構造の精密化を行う．Linux用のダウンロード版もある．

タンパク質とリガンドの相互作用を予測するための統合プラットフォーム．分子構造の準備からターゲットのタンパク質に対する推定結合部位の決定，そして，リガンドの結合モードの予測まで，ドッキングの全過程を予測可能．

Gaussian Network Modelを使って，タンパク質の立体構造座標から平衡状態のダイナミクスを計算し，タンパク質のどの部分が揺らぎやすいかを調べることができる．

分子動力学計算や基準振動解析などの様々な分子シミュレーションを行うソフトウエア．このサイトからはAmber力場もダウンロードできる．

分子動力学計算をはじめとする様々な分子シミュレーションを行うソフトウエア．CHARMM力場はhttp://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.htmlからダウンロードできる．

分子動力学計算を非常に高速に行うソフトウエア．Linux, MacOSX版がある他，ソースコードをダウンロードしてコンパイルすることもできる．

並列化により分子動力学計算を高速に行うソフトウエア．Linux, MacOSX, Windows, 各種Unix版がある他，ソースコードをダウンロードしてコンパイルすることもできる．

分子動力学計算をはじめとする様々な分子シミュレーションを行うソフトウエア．Linux, Windows, MacOSX版がある他，ソースコードをダウンロードしてコンパイルすることもできる．

NMR解析用プログラム．

タンパク質解析用の高速多次元NMRデータ処理ソフト．

NMRデータを処理，表示するソフト．タンパク質，核酸に対応．

NMRデータを処理，表示するソフト．

NMRデータの解析ソフト．

NMRデータの自動解析ソフト．

NMRデータを処理，表示するソフト．

自動でNOE帰属と構造計算を行うソフト．

立体構造計算と決定を自動的に行うソフト．

NMRで解析された構造を評価するソフト．PROCHECKの中に含まれている．

入力したアミノ酸配列とBMRBデータを比べることで構造予測を行い，その構造から化学シフトを予測するサイト．

タンパク質立体構造から化学シフトを予測するサイト．

タンパク質立体構造から化学シフトを予測するサイト．

タンパク質結晶学に関するあらゆるプログラムが集合したパッケージ．

回折イメージを処理するソフト．DenzoとScalepackの２つで構成されています．有料

回折イメージを処理するソフト．

自動回折イメージ処理ソフト．Mosflmを使用．

低分子結晶の構造解析にも使えるソフト．重原子を用いた位相決定から構造の精密化まで使えます．

全自動でMAD, SAD, MIRを解いてくれるソフト．

SAD，MAD，SIR，MIRでの位相決定ソフト．

直接法による構造解析ソフト．160個のセレン原子の位置決定も可能だそうです．

直接法，パターソン法による構造解析ソフト．モデル構築まで自動で計算してくれる．

分子置換法による構造解析ソフト．Phenixやccp4に含まれている．

分子置換法による構造解析ソフト．Linux, mac, winに対応しています．

全自動の分子置換ソフト．アミノ酸配列と反射ファイルを入れると，類似構造を探して分子置換を行う．

自動構造決定ソフトウェア．PHASER, SOLVE/RESOLVEを使用している．

電子密度から構造モデルを構築，精密化するソフト

得られた初期構造(部分構造)から自動でモデル構築を行い精密化するソフト．ver.3.0から核酸のモデル構築にも対応しています．

Simulated Annealing法を用いた蛋白質構造精密化ソフト．NMRの解析にも対応．

ccp4に連携したモデル構築ソフト．

モデル構築，精密化ソフト．

モデル構築ソフト．

モデル構築ソフト．タンパクの描画にも使える．

モデル構築ソフト．核酸の構築も出来る．

PMF法，MS/MSスペクトルのデータを用いてデータベースを検索しタンパク質を同定するサイト．

PMF法によりタンパク質を同定するサイト．

Technical University of DenmarkのCenter for Biological Sequence analysisで開発されたタンパク質局在，翻訳後修飾，免疫学的性質などの予測ツールが集められたサイト

リンク集．構造インフォマティクス，virtual ligand screening関連

リンク集．ドッキング関連