タンパク質検索

 Protein Search

タンパク質-化合物相互作用を、タンパク質ごとに表示します。タンパク質を選択するには、 遺伝子シンボル、タンパク質名中の特徴的な単語、ChEMBL Classificationの単語、 UniProt accession、Entrez Gene IDのうちのひとつを入力し、検索してください。


検索方法

Step 1.検索

protein_search

検索ウィンドウにて検索キーワードを入力し、「search 」ボタンをクリック して検索を開始します。
遺伝子シンボル、UniProt accession、Entrez Gene ID で完全に一致するものを検索します。 それに加え、遺伝子シンボル、タンパク質名に含まれる単語、ChEMBL classification中の単語で 前方一致するものを検索します。 ただし前方一致検索の場合、3文字以下の単語は検索できません。


遺伝子シンボル -CDK7, RAC1
UniProt accession - P50613, P63000, Q07817
Entrez Gene ID - 1022, 5879, 13982
タンパク質名中の特徴的な単語 - adiponectin, secretase, estrogen, botulinum
ChEMBL Classification中の単語 - cmgc 


Step 2.検索結果一覧

protein_result

タンパク質の一覧が表示されます。 タンパク質-化合物相互作用のデータがあるものは、PCIの欄に数字があります。 表示したいタンパク質のPCI欄の数字をクリックしてください。

タンパク質データは、UniProt Protein knowledgebase (UniProtKB) を利用しています。


Step 3.PCI情報

pci_protein

選択したタンパク質と相互作用のある化合物が表示されます。 詳細なデータが必要な時は、右上のデータ表ダウンロードをクリックしてください。

相互作用は、DrugBank、ChEMBL、CTD、PubChem BioAssayの順に表示しています。 ただし、1つのアッセイで50件以上の化合物がヒットしている場合は、 ヒット件数のみ表示しています。

上の赤い部分は、タンパク質のデータです。 左の紫の部分は、相互作用の4つのDBから抽出したデータです。 右の青の部分は、化合物の詳細情報へのリンクです。


Step 4.PCI詳細情報

drugbank

選択したタンパク質と相互作用のある化合物が、物性値と共にダウンロードできます。 タブ区切りのファイルなので、エクセル等のTSVファイルを取り扱える アプリケーションを使用してください。


PCI DB is licensed under Creative Commons licenses.