CASA db (Comprehensive Amino Acids Sequences Annotated database)

タンパク質配列データベース「CASA db」は現在世界各地に分散している多種多様なタンパク質関連情報を、広く収集・統合することで、次世代タンパク質科学の情報基盤の整備を行うことを目的として構築を開始しました。

世界の三大アミノ酸配列データバンクである、DDBJ DAD、NCBI NR、UniRefを中心にした各公開タンパク質データベースから、2,100万件超のアミノ酸配列、5,300万件超の生物種情報、11,200万件超のIDを収集し、それらに対して構造予測、機能情報予測等を行った結果を公開いたします(2011/02/16更新)。
今後先端的な情報技術を積極的に取り入れ、さらに内容の充実、機能の拡充に努めて参ります。
今後ともどうぞよろしくお願いいたします。

[配列データベースを使ってみる][CASA db ver 1.2]

使い方

Step1.検索(キーワード / 配列 / クラスタリンググループ)

Step1 検索ウィンドウにて検索キーワードを入力し、「search !」ボタンをクリックして検索を開始します。
キーワード検索の他、配列による検索、クラスタリンググループによる検索が行えます。

Step2.検索結果リスト

Step1 検索結果リスト表示ウィンドウが開き、検索結果リストが表示されます。 表示されたリストのTP IDを選択すると対応したタンパク質の詳細な情報を閲覧できるウィンドウが開きます。 対象タンパク質が多い場合は検索時の設定に従い複数のページで表示されます。

Step3.タンパク質情報ウィンドウ

Step1 検索結果リストで選択されたタンパク質の情報ウィンドウが開きます。
タンパク質のアミノ酸配列等の基本的な情報から、構造や機能の解析情報、他の公共データベースでのID等を閲覧する事が出来ます。 これらの情報については表示・非表示の選択や、表示位置の変更等が行えます。

Step4.表示情報選択メニュー

Step1 タンパク質の解析情報の中から必要なものだけを選択し、表示させることが出来ます。 また選択状態を保存する事によって次回からも同様の表示条件でタンパク質の情報を見る事が出来ます。 表示条件の他、各ウィンドウの表示位置設定も保存する事が出来ます。

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